ВВЕДЕНИЕ ........................................................ 5

Глава 1  КОМПЬЮТЕРНАЯ ГЕНОМИКА ................................. 15
1.1  Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах
     данных (Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А.,
     Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М.,
     Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л.,
     Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л.,
     Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.) ............. --
1.2  Регуляторные последовательности ДНК: исследование
     компьютерными методами (Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В.,
     Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В.,
     Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И.,
     Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю.,
     Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В.,
     Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В.) ............................... 38
1.3  Методы извлечения знаний и логического анализа
     регуляторных геномных последовательностей (Витяев Е.Е.,
     Орлов Ю.Л., Хомичева И.В., Шипилов Т.И.) ................. 126
1.4  Сайты формирования нуклеосом ДНК эукариот: исследование
     компьютерными методами (Левицкий В.Г.,
     Подколодная О.А., Колчанов Н.А., Подколодный Н.Л.) ....... 136

Глава 2  КОМПЬЮТЕРНАЯ ТРАНСКРИПТОМИКА ......................... 153
2.1  Анализ микрочиповых данных по экспрессии генов методами
     самоорганизующихся карт Кохонена и главных компонент
     (Ефимов В.М., Бадратинов М.Ш., Катохин А.В.,
     Мордвинов В.А., Колчанов Н.А) ............................ 154
2.2  МикроРНК: компьютерный анализ контекстной организации
     (Химичева И.В., Левицкий В.Г., Вишневский О.В.,
     Пономаренко М.П., Савинская С.А., Афонников Д.А.,
     Катохин А.В., Омельянчук Н.А.) ........................... 165
2.3  Трансляция (Кочетов А.В., Вишневский О.В.,
     Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А.,
     Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида X., Сараи А.,
     Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П.,
     Пальянов А.Ю., Титов И.И., Колчанов Н.А.) ................ 184

Глава 3  КОМПЬЮТЕРНАЯ ПРОТЕОМИКА .............................. 229
3.1. Распознавание функциональных сайтов в пространственных
     структурах белков (Иванисенко В.А., Деменков П.С.,
     Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ошурков И.С.,
     Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С.,
     Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю.,
     Гончаров С.С., Колчанов Н.А.) ............................ 231
3.2  Периодическая структура аминокислотных
     последовательностей белковых семейств (Турутина В.П.,
     Скрябин К.Г., Коротков Е.В.) ............................. 245
3.3  Предсказание внутриклеточной локализации белков на
     основе аминокислотных последовательностей (Панина И.И.,
     Татарникова Л.Ю., Деменков П.С, Яркова Е.Э.,
     Иванисенко В.А., Гончаров С.С, Колчанов Н.А.) ............ 257
3.4  Предсказание изменения термодинамической стабильности
     белков при одиночных аминокислотных заменах
     (Деменков П.С., Яркова Е.Э., Иванисенко В.А.,
     Гончаров С.С., Колчанов Н.А.) ............................ 269
3.5  Анализ взаимосвязи "структура-активность" в белковых
     семействах (Иванисенко В.А., Яркова Е.Э.,
     Деменков П.С., Гончаров С.С, Колчанов Н.А.) .............. 276
3.6  Классификация локального пространственного окружения
     аминокислотных остатков по физико-химическим свойствам
     (Афонников Д.А., Колчанов Н.А.) .......................... 281
3.7  Фолдинг и мисфолдинг белков: Исследование в рамках
     решеточной модели (Титов И.И, Пальянов А.Ю.,
     Чекмарев С.Ф., Карплус М.) ............................... 289
3.8  Компьютерный анализ структурно-функциональных
     характеристик протеасомной деградации белков
     (Афонников Д.А., Барышев П.Б.) ........................... 296
3.9  Анализ и сравнение сложности протеомов на основе
     подсчета количества связей "домен - белок" 
     (Кузнецов В.А., Пикапов В.В., Канапин А.А.) .............. 302

Глава 4  ГЕННЫЕ СЕТИ: ОПИСАНИЕ В БАЗАХ ДАННЫХ И 
МОДЕЛИРОВАНИЕ ................................................. 313
4.1  Понятие о генных сетях. База данных GeneNet 
     (Ананько Е.А., Гунбин К.В., Суслов В.В.,
     Колчанов Н.А.) ........................................... ---
4.2  Создание информационно-экспериментальной базы для
     дизайна геносенсорных конструкций на основе генов
     прокариот (Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В.,
     Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.) .......................... 319
4.3  Архитектура, динамика и эволюция безмасштабных сетей
     (Титов И.И.) ............................................. 329
4.4  Методы моделирования динамики молекулярно-генетических
     систем (Лихошвай В.А., Ратушный А.В., Бажан С.И.,
     Ощепкова Е.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М.,
     Колчанов Н.А.) ........................................... 333

Глава 5  ТЕОРИЯ ГЕННЫХ СЕТЕЙ .................................. 397
5.1  Модели гипотетических генных сетей (Лихошвай В.А.,
     Колчанов Н.А.) ........................................... 399
5.2  Модель авторепрессирующегося генетического элемента
     (Лихошвай В.А.) .......................................... 408
5.3  Модели циклических генных сетей (Лихошвай В.А.,
     Фадеев С.И.) ............................................. 410
5.4  Гипотетические генные сети с произвольными структурными
     графами (Лихошвай В.А., Голубятников В.П., 
     Фадеев С.И.) ............................................. 420
5.5  Проблемы моделирования процессов матричного синтеза
     (Лихошвай В.А., Демиденко Г.В., Матвеева И.И.) ........... 443
5.6  О связи между решениями дифференциальных уравнений с
     запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем
     дифференциальных уравнений (Лихошвай В.А.,
     Демиденко Г.В.) .......................................... 451
5.7  О хаосе в генных сетях (Лихошвай В.А., 
     Голубятников В.П., Лашина Е.А.) .......................... 459
5.8  Дискретные модели генных сетей (Лихошвай В.А., 
     Евдокимов А.А.) .......................................... 470

Глава 6  КОМПЬЮТЕРНАЯ БИОЛОГИЯ РАЗВИТИЯ ....................... 483
6.1  Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию
     (Николаев С.В., Гунбин К.В., Омельянчук Н.А.,
     Суслов В.В., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А.) ............. ---
6.2  Морфогенез животных: реконструкция в базах данных и
     моделирование (Гунбин К.В., Омельянчук Л.В.,
     Ананько Е.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Колчанов Н.А.) .... 498
6.3  Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и
     моделирование (Омельянчук Н.А., Миронова В.В.,
     Залевский Е.М., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К.,
     Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А.,
     Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В.,
     Зубаирова У.С., Колчанов Н.А.) ........................... 539

Глава 7  КОМПЬЮТЕРНАЯ ЭВОЛЮЦИОННАЯ БИОЛОГИЯ ................... 591
7.1  Координированные замены аминокислотных остатков в
     белках (Афонников Д.А., Колчанов Н.А.) ................... ---
7.2  Анализ режима адаптивной эволюции в белках вируса
     гепатита С (Варламова Е.С., Афонников Д.А., Суслов В.В.,
     Колчанов Н.А.) ........................................... 602
7.3  Исследование эволюции генов Hh-каскада сигналов
     (Гунбин К.В., Колчанов Н.А.) ............................. 610
7.4  Филогенетический и структурный анализ семейства р53 
     (Пинтус С.С., Фомин Э.С, Иванисенко В.А.) ................ 650
7.5  Моделирование эволюции сообществ: программа
     "Эволюционный конструктор" (Лашин С.А., Суслов В.В.,
     Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.) ............. 662

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ ............................................. 677

СВЕДЕНИЯ О ФИНАНСОВОЙ ПОДДЕРЖКЕ ТЕМАТИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПРОВЕДЕННЫХ В РАЗДЕЛАХ МОНОГРАФИИ, А ТАКЖЕ БЛАГОДАРНОСТИ
АВТОРОВ ....................................................... 753

СВЕДЕНИЯ ОБ АВТОРАХ ........................................... 759