 | | Базы данных и порталы ► Биологические науки
|
|
|
|  | Плантариум (plantarium.ru/) ► Растения и лишайники России и сопредельных стран: открытый онлайн атлас и определитель растений. |
| | Флора и фауна (herba.msu.ru/shipunov/school/sch-ru.htm) ► Фундаментальная электронная библиотека «Флора и фауна». Растения, животные, грибы и водоросли, теория эволюции и систематики. Фундаментальной электронной библиотекой «Флора и фауна» была создана Алексеем Шипуновым. Первая книжка появилась там 10 апреля 2001 г. К сожалению, А.Б. трагически погиб в Японии в декабре 2022 г. - здесь он жил и работал последние годы. Библиотека перестала пополняться. |
| | AGRIS (agris.fao.org/) ► Реферативная БД AGRIS содержит информацию по всем вопросам сельского хозяйства и смежным с сельским хозяйством областям, таким как биотехнология, защита растений, ветеринария, сельскохозяйственное оборудование и техника, токсикология, лесное хозяйство, водное хозяйство, аквакультура и рыбное хозяйство, технология производства продуктов питания, питание человека, природные ресурсы, образование, право и т.д. |
| | AgroZoo (agrozoo.ru) ► Проект информационной поддержки сельских товаропроизводителей, содержащий базы данных по теме сельского хозяйства. |
| | Allen Brain Atlas (www.brain-map.org) ► Портал Института Аллена. Содержит транскриптомные атласы мыши и человека. |
| | AnimalBase (animalbase.de/) ► Проект Гёттингенского университета, воплощённый в жизнь в 2004 году. Цель проекта состоит в том, чтобы перевести в оцифрованный вид раннюю зоологическую литературу и обеспечить к ней свободный доступ. Дополнительно в распоряжение общественности бесплатно предоставляются проверенные списки родов и видов животных. Проект открыл доступ широкому кругу пользователей к литературе, изданной до 1800 года, которая является ценным источником для исследователей таксономии животных. |
| | Australian Plant Image Index (anbg.gov.au/photo/index.html) ► BioCyc накапливает данные, полученные на основе компьютерного анализа гено¬мов 5 700 видов организмов, большинство из которых – прокариоты. Для всех этих видов были скон-струированы интегральные сети метаболизма, включающие как уже известные, так и предсказанные ферменты, биохимические реакции, метаболические пути, системы транспорта, а также опероны (для прокариот). Базы данных EcoCyc, MetaCyc, а также Arthrospira platensis NIE-39 доступны для всех, т.к. их создание финансируется Национальными институтами здравоохранения США. Остальные базы доступны по подписке. |
| | Avibase (avibase.bsc-eoc.org/avibase.jsp) ► Всеобъемлющая информационная система и база данных про птиц со всего мира, в которую занесено более 60 миллионов записей про 10000 видов и 22000 подвидов, в том числе про систематику, названия птиц на разных языках и т. д. Сайт поддерживаетмя Денисом Лэпадж и размещается на серверах Birds Canada, который является канадским партнером Birdlife International. |
| | BioModels (www.ebi.ac.uk/biomodels/) ► Бесплатный репозиторий математических моделей биологических и биомедицинских систем. Все модели в курируемом разделе базы данных BioModels были описаны в рецензируемой научной литературе. Модели, хранящиеся в курируемой ветке BioModels, соответствуют MIRIAM , стандарту редактирования и аннотации моделей. Кураторы смоделировали модели, чтобы убедиться, что при запуске моделирования они дают те же результаты, что описаны в публикации. Компоненты модели снабжены аннотациями, поэтому пользователи могут легко идентифицировать каждый элемент модели и получать дополнительную информацию из других ресурсов. |
| | Biodiversity Heritage Library (www.biodiversitylibrary.org) ► Консорциум 12 естественнонаучных и ботанических библиотек, которые сотрудничают, чтобы перевести в цифровую форму и сделать доступной традиционную литературу по биоразнообразию, содержащуюся в их коллекциях, и сделать эту литературу доступной для открытого доступа. |
| | BOLD (v4.boldsystems.org/) ► Генетическая база данных BOLD (Barcode of Life Database), в которой представлена информация о ДНК-штрихкодах живых организмов из различных таксономических групп, пополняющаяся исследователями из разных регионов мира. Система BOLD также предоставляет возможность построения филогенетических деревьев с учетом последовательностей, имеющихся в базе. |
| | Bookshelf (www.ncbi.nlm.nih.gov) ► электронная библиотека книг по медицине и биологическим наукам, поддерживаемая Национальным центром биотехнологической информации (NCBI, USA). |
| | Brenda (brenda-enzymes.info) ►Самый полный репозиторий по ферментам. Это электронный ресурс, содержащий молекулярную и биохимическую информацию о ферментах, классифицированных IUBMB. Каждый классифицированный фермент характеризуется катализированной биохимической реакцией. Подробно описаны кинетические свойства соответствующих реагентов. |
| | Cancer GeneticsWeb (www.cancerindex.org) ► Сайт предоставляет каталог ссылок на ресурсы о генах, протеинах, генетических мутациях, связанных с раком и др. заболеваниями. |
| | Catalogue of Life (www.catalogueoflife.org) ►Каталог, включающий все известные специалистам виды живых существ. |
| | CBS-KNAW culture collection (wi.knaw.nl) ►Одна из крупнейших в мире коллекций культур, созданная CBS Fungal Biodiversity Centre, Голландия, содержащая более ста тысяч штаммов гриба и бактерий. |
| | CheBi (ebi.ac.uk/chebi/) ► Chemical Entities of Biological Interest. Словарь молекулярных субстанций, ориентированный на «малые» химические соединения. Термин "молекулярная субстанция" относится к любому конституционально или изотопно различающемуся атому, молекуле, иону, ионной паре, радикалу, радикальному иону, комплексу, конформеру и т.д., идентифицируемому как отдельно различаемое образование. Подобные молекулярные субстанции являются либо природными продуктами, либо синтетическими продуктами, используемые для вмешательства в процессы, происходящие в живых организмах. |
| | ConsensusPathDB (darwin-online.org.uk)База данных молекулярно-функциональных взаимодействий, интегрирующая информацию о белковых взаимодействиях, сигналах генетических взаимодействий, метаболизме, регуляции генов и взаимодействиях между лекарственными средствами и мишенями у людей. |
| | Darwin Online (darwin-online.org.uk) ► Подготовленные историком науки доктром Джоном ван Вие (колледж Тембусу университета Cингапура) работы Дарвина, находящиеся в свободном доступе. |
| | eBird (ebird.org) ► Цель сайта - обеспечить доступность сообщений о ежегодных наблюдениях за птицами как любителями, так и профессионалами. База содержит более 4 млн отчетов о наблюдениях за птицами северной Америки. |
| | emage Gene Expression Data (www.eurexpress.org/ee) ► Онлайновая биологическая база данных данных об экспрессии генов в развивающемся эмбрионе мыши. Состоит из EurExpress Gene Expression, DataOptical Projection Tomography data, Wnt Pathway Analysis Data, Other gene expression data. |
| | Ensembl (http://www.ensembl.org/index.html)Геномный браузер. Совместный научный проект Европейского института биоинформатики и Института Сенгера. Основной задачей этого проекта является обеспечение специалистов интегрированным доступом к базам данных, касающихся строения геномов более 50 видов позвоночных, включая человека, мышь, крысу, рыбку Данио-рерио и др. Проект был запущен в 1999 году. |
| | European Bioinformatics Institute (www.ebi.ac.uk) ► Портал Европейского института биоинформатики - подразделения Европейской Лаборатории молекулярной биологии (EMBL). Предоставляет информацию о биологических экспериментах, а также доступ к нескольким молекулярным базам данных. |
| | ExPASy (www.expasy.org) ► Портал the SIB Swiss Institute of Bioinformatics , который предоставляет доступ к базам данных и ресурсам по различным отраслям биологических наук, включая протеомику, геномику, филогению, системную биологию, популяционную генетику, транскриптомику и т.д. |
| | Fungal Genetics Stock Center (www.fgsc.net) ► База данных открытого репозитория по генетике грибов. |
| | GBIF (Global Biodiversity Information Facility) (www.gbif.org) ► GBIF—the Global Biodiversity Information Facility – крупнейшая база данных по биоразнообразию, содержащая записи, начиная от бактерий до синих китов. База данных глобального биоразнообразия агрегирует информацию биологических коллекций и систематизирует её по единым стандартам и протоколам. Интеграция в глобальную базу данных делает локальную информацию доступной для исследователей со всего мира. GBIF содержит данные от 1124 научных организаций. |
| | GEISHA (geisha.arizona.edu/geisha/) ►Электронный репозиторий метаданных гибридизации in-situ для генов, экспрессивных в курином эмбрионе в течение первых шести дней развития. Проект финансируется National Institutes of Health, США. |
| | GenAtlas (genatlas.medecine.univ-paris5.fr) ► Специализированная база данных по структуре, экспрессии и функциям генов, генным мутациям. Предоставляет возможность произвести поиск по известному гену или фенотипу. |
| | Global Registry of Scientific Collections (grbio.org) ► Интегрированный ресурс по биологическим коллекциям музеев, гербариям и другим биорепозиториям. |
| | Hudsen (hudsen.org/) ► Атлас ХАДСЕНА - это трехмерная (3D) пространственная структура для изучения экспрессии генов в развивающемся человеческом мозге. |
| | IntAct Molecular Interaction Database (ebi.ac.uk/intact/) ► База данных для хранения и анализа информации по белковым взаимодействиям. Интерфейс обеспечивает возможность получения текстовых и графических представлений белковых взаимодействий и позволяет изучение взаимодействия сетей в контексте аннотаций GO по взаимодействующим белкам. |
| | ITIS (itis.gov/) ► Интегрированная таксономическая информационная система (ИТИС), предоставляющее достоверную таксономическую информацию по растениям, животным, грибам и микробам Северной Америки и мира. ITIS была первоначально образована в 1996 году как межведомственная группа в рамках федерального правительства США, с участием нескольких федеральных агентств США, и в настоящее время стала международным органом, с участием канадских и мексиканских и других правительственных учреждений. База данных пополняется большим сообществом таксономических экспертов. |
| | KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (www.genome.jp) ►Веб-ресурс, объединяющий ряд биологических баз данных, где собрана геномная, химическая, функциональная и пр. информация, и предназначенный, прежде всего, для интерпретации данных геномного секвенирования. Ресурс представляет собой попытку компьютеризировать все данные молекулярной и клеточной биологии. База данных с структурированной информацией о структурах биомолекул , лекарственных препаратов, уравнения реакций , метаболических путей, генов и функциональной иерархии биологических систем в различных организмах. База данных создана и поддерживается лабораториями Канехиса в Центре биоинформатики Университета Киото и Центром генома человека Токийского университета. Ресурс существует с 1995 года. |
| | MedBioWorld (www.medbioworld.com) ► портал , предоставляющий информацию по медицине и биотехнологии. |
| | MetaCyc Metabolic Pathway Database (metacyc.org) ►Одна из самых крупных баз данных по метаболическим путям, биохимическим реакциям и участвующим в них ферментам, собранных экспертами-биологами из научных публикаций. В 2017 г. MetaCyc содержала сведения о более чем 2 400 метаболических путей 2 816 видов организмов (как про¬кариот, так и эукариот), полученные из 46 000 публикаций. |
| | MINT (mint.bio.uniroma2.it) ►MINT, the Molecular INTeraction database, база данных молекулярных взаимодействий создана для хранения информации по функциональным взаимодействиям между белками. Кроме бинарных комплексов база содержит данные и по другим типам функциональных взаимодействий, включая ферментативную модификацию одного из членов пары. |
| | miRBase (mirbase.org/) ► miRBase - биологическая база данных, которая действует как репозиторий информации о микроРНК последовательностям. miRBase выросла из ресурса реестра микроРНК, созданного Сэмом Гриффитс-Джонсом в 2003 году. |
| | MycoBank (mycobank.org) ► Базы данных по грибам, поддерживаемые Международной микологической ассоциацией. |
| | NAR Database Summary Paper Category List
(www.oxfordjournals.org) ► Каталог биологических баз данных широкой тематики, подготовленный коллективом журнала Nucleic Acids Research. |
| | NCBI databases (www.ncbi.nlm.nih.gov) ►Базы данных the National Center for Biotechnology Information содержат информацию по генетике и биомедицине |
| | NetPath (netpath.org) ► База сигнальных путей человека (преимущественно вовлеченных в регуляцию иммунных процессов), построенных на основе ручного анализа 5 500 публикаций. NetPath содержит 36 диаграмм, включающих 2 800 объектов (метаболиты, белки и гены, для которых имеются данные о транскрипционных факторах, регулирующих активность этих генов) и 1 600 реакций между ними. |
| | OneZoom tree of life explorer (onezoom.org/) ►Древо Жизни – масштабная интерактивная карта эволюционных связей между всеми известными науке живыми существами. На нем больше двух миллионов листочков – отдельных видов. Можно начать путешествие по Древу Жизни с человека - на первой картинке видна наша веточка, а цифры на разветвлениях показывают, сколько миллионов лет назад один вид отделился от другого. На второй картинке – вся большая ветвь млекопитающих, на которой нас уже не так просто найти. Ну а если идти от самого корня, вы наверняка заблудитесь, - древо намного больше, чем наши интуитивные представления о многообразии живых существ. Двойной клик на латинское название любого таксона на древе откроет статью в википедии |
| | Pathbase (pathbase.net/) ► База данных, в которой хранятся изображения аномальной гистологии, связанные со спонтанными и индуцированными мутациями как эмбриональных, так и взрослых мышей, включая те, которые получены путем трансгенеза, целевого мутагенеза и химического мутагенеза. Также доступны изображения нормальной гистологии мыши и зависящих от штамма фоновых поражений. База данных и изображения находятся в открытом доступе и связаны анатомическим сайтом, генными и другими идентификаторами с соответствующими базами данных; существуют также средства для общественного обсуждения и аннотирования записей. |
| | Pathway Commons (pathwaycommons.org) ► Информационный ресурс, содержащий информацию о биохимических реакциях, образовании белковых комплексов, процессах транспорта и катализа, а также физических взаимодей-ствиях, в которых участвуют белки, ДНК, РНК, их комплексы, а также метаболиты. Pathway Commons интегрирует данные из различных информационных источников и представляет их в едином формате, что обеспечивает быстрый поиск и загрузку данных. |
| | Plants For A Future (www.pfaf.org) ► База данных растений Plants For A Future (PFAF) (Растения будущего), включающая около 7000 видов растений. |
| | Protein Information Resource (proteininformationresource.org/) ► PIR - база данных по первичным последовательностям и пространственной структуре белков, интегрированный ресурс по биоинформатике, целью которого является поддержка исследований в области геномной, протеомной и системной биологии. |
| | RCSB Protein Data Bank (www.rcsb.org) ► Банк данных 3-D структур белков и нуклеиновых кислот. PDB является одним из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований, например, NIH в США требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB. |
| | REACTOME (reactome.org) ► База знаний Reactome содержит курируемые экспертами сведения по метаболическим и сигнальным путям, процессам транспорта молекул в клетке, репликации ДНК.. В Reactome накоплены данные о процессах и реакциях 15 видов эукариот и 4 видов прокариот. Наибольшее количество инфор¬мации собрано по человеку и мыши. Ведется с 2003 года. |
| | REBASE (rebase.neb.com) ► База данных по ферментам рестрикции. |
| | SDAP 2.0 - Structural Database of Allergenic Proteins (fermi.utmb.edu/SDAP/) ► ВЕБ-сервер, объединяющий базу данных по протеинам-аллергенам, куда входят: имя, источник, последовательность, структура, эпитопы а так же сопутствующие ссылки на такие структурные банки данных, как SwissProt, PIR, NCBI, PDB, с различными биоинформатическими ресурсами, позволяющими изучать структуру и прочие особенности белков-аллерегенов. Главным сервером, на котором находится база, является сервер Медицинского Отдела Университета Техаса. |
| | SIGNOR (signor.uniroma2.it) ► The SIGnaling Network Open Resource, содержит информацию по сигнальным путям трех видов организмов (человек, мышь, крыса), которая внесена в систему на основе ручного анализа научных публикаций. В базе содержатся экспериментально подтвержденные данные о регулятор¬ных взаимодействиях между объектами сигнальных путей: образовании комплексов, активации либо ингибировании активности белков на основе посттранскрипционных модификаций, регуляции транс¬крипции. Диаграммы сигнальных путей интерактивны, их можно просматривать в нескольких режимах. |
| | SMPDB (smpdb.ca/) ► SMPDB, Small Molecule Pathway Database содержит 618 диаграмм путей регуляции различных процес¬сов человека: метаболических и сигнальных путей; патологических процессов; метаболизма лекарственных веществ и механизмов их действия; сложных биологических процессов на клеточ¬ном и организменном уровне. Диаграммы созданы вручную, на основе аннотации научных публикаций. SMPDB разработан специально для поддержки выяснения и открытия путей в метаболомике , транскриптомике , протеомике и системной биологии. |
| | SPIKE (cs.tau.ac.il/~spike)База данных содержит данные о сигнальных путях человека. Данные были внесены в базу SPIKE экспертами на основе анализа научных публикаций, а также экстракции и тщательной проверки данных из других ресурсов по генным сетям. |
| | The UCSC Genome Browser (genome.ucsc.edu/) ► Геномный браузер UCSC содержит базу последовательностей и рабочие инструменты для большого количества геномов. Браузер позволяет перемещаться по хромосомам, показывая все существующие к ним аннотации. Есть Gene Sorter, который отображает сортируемую таблицу генов, которые каким-либо образом родственны или гомологичны. The Table Browser можно использовать для поиска данных, связанных с запросом, в текстовом формате, для подсчета пересечений между запросами и поиска последовательности ДНК, покрываемой запросом. В нём есть множество дополнительных треков, которые можно подгружать и смотреть на интересующий участок генома и его консервативность, наличие различных функциональных элементов, сравнивать с последовательностями неандертальцев и денисовцев и делать ещё множество вещей. |
| | UniProt (www.uniprot.org) ► The Universal Protein Resource (UniProt) представляет собой базы данных UniProt Knowledgebase (UniProtKB), the UniProt Reference Clusters (UniRef), and the UniProt Archive (UniParc). Является одним из наиболее всеобъемлющих каталогов информации о белках и их функциях. |
| | Unknome (unknome.mrc-lmb.cam.ac.uk/) ► База данных содержит все белковые кластеры, содержащие по крайней мере 1 белок человека или любого из 11 модельных организмов. Кластеры могут быть ранжированы по степени известности, и пользователь может изменить этот список таким образом, чтобы включить только те белки, которые присутствуют в определенной комбинации видов, таких как человек плюс предпочтительный модельный организм. Для каждого семейства белков интерфейс показывает ортологи в его кластере и то, как со временем менялась изученность кластера. Эти принципы проектирования максимизируют универсальность и мощь базы данных Unknome как инструмента для исследователей из различных областей биомедицины. |
| | WikiPathway (www.wikipathways.org/)WikiPathways содержит схемы регуляции биологических процессов, построенные вручную, на основе анализа научных публикаций. WikiPathways является открытой платформой для сбора и распростране¬ния данных, поскольку ввод информации осуществляется зарегистрированными пользователями через специальную интернет-доступную программу. Благодаря такой системе WikiPathways чрезвычайно ак¬тивно пополняется. Поиск данных в базе WikiPathways осуществляется по названию гена или любого другого объекта, а также по названию диаграммы. |
| | World Flora Online (www.worldfloraonline.org) ► Каталог растений, встречающихся в мире. Это международный проект, который будет включать опубликованную информацию о растительном мире, поправки, каталоги, а также данные по малоизученным группам растений и растениям в неисследованных регионах мира. |
| | World-Wide Virtual Library: Botany (www.ou.edu) ► Коллекция ссылок по ботанике. |
| | ZOOINT (zin.ru/projects/zooint_r/index.html) ► Интегрированная компьютерная информационно-поисковая система ZOOINT предназначена для зоологов-систематиков и зоологов, занимающихся прикладными исследованиями, а также для специалистов других профилей, нуждающихся в зоологической информации. Система ориентирована на накопление, корректировку и эффективное использование сведений по номенклатуре, систематике, географическому распространению и симбиотическим связям животных. В качестве источников таких сведений в системе предусмотрены библиографические данные, информация о коллекционных экземплярах музеев и экспертные (неопубликованные) данные специалистов. |
| | zoomet.ru (zoomet.ru/) ► Бесплатная электронная биологическая библиотека. Статьи и книги о птицах, млекопитающих, рептилиях и амфибиях, беспозвоночных и др.Все материалы взяты из открытых источников или присланы посетителями и представлены исключительно в ознакомительных целях. |
