Действительный член РАН (2013), действительный член РАМН (1991), член-корреспондент АМН СССР (1986), доктор медицинских наук (1981), профессор (1985). Ведущий специалист в области иммуноморфологии и иммунопатологии.

Окончил Благовещенский государственный медицинский институт (1962). Ассистент, доцент кафедры гистологии Благовещенского медицинского института (1962–1969).

Ученый секретарь, заведующий лабораторией иммуноморфологии Института клинической и экспериментальной медицины СО АМН СССР (1970–1981), заведующий лабораторией иммуноморфологии НИИ клинической и экспериментальной лимфологии СО РАМН (1981–1991), директор НИИ физиологии СО РАМН (1992–2012).

Заместитель председателя Президиума СО АМН СССР (1987–1989), председатель Президиума СО АМН СССР (1989–1991), председатель Сибирского отделения РАМН (1991-2011), вице-президент РАМН (1991–2011).

Работы В. А. Труфакина посвящены актуальным вопросам теоретической и клинической иммунологии, гистологии. Им создана гипотеза пространственно-временной организации иммунной системы и выявлены фундаментальные закономерности лимфоэндокринных взаимоотношений.

В. А. Труфакиным организована Научная сибирская школа иммуноморфологов.

Автор и соавтор более 400 научных работ.

Лауреат премии Правительства РФ в области науки и техники (1999) и премии РАМН им. Н. И. Пирогова (1999). Имеет государственные награды. Заслуженный деятель науки РФ (1999).