Действительный член (1984), член-корреспондент (1976) АН СССР, доктор технических наук (1966), профессор (1968). Специалист в области механики деформируемых сред, механики горного массива и действия взрыва на горные породы.

Окончил механико-математический факультет Ленинградского государственного университета (1952), затем аспирантуру того же вуза (1952–1955). Работал научным сотрудником Ленинградского филиала Института химической физики (1955–1960).

В Сибирском отделении с 1960 г.: зав. лабораторией механики горных пород Института теоретической и прикладной механики СО АН СССР (1960–1970), зам. директора (1970–1972), и.о. директора (1972–1975), директор (1975–1987) Института горного дела СО АН СССР, зам. председателя СО АН СССР (1980–1985). Профессор (с 1966), основатель и зав. кафедрой механики твердого тела (1980–1987) Новосибирского государственного университета.

С 1987 г. переехал в Москву: председатель ВАК СССР (1987–1992), главный научный сотрудник Института динамики геосферы РАН (с 1987), профессор (с 1989) и зав. кафедрой волновой и газовой динамики механико-математического факультета (с 1991) Московского государственного университета. Советник РАН (2004–2009).

Член Президиума СО СССР АН — РАН (1980–1988), бюро Отделения геологии, геофизики, геохимии и горных наук (1992–1997) и многих специализированных советов. Председатель Научного совета АН по механике горных пород и горному давлению, Научного совета РАН по проблемам использования подземного пространства и подземного строительства. Руководитель Национальной группы геомехаников (1994), вице-президент и член (1988–1992) Международного общества по механике горных пород. Действительный член Российской академии естественных наук (1993), Королевской инженерной академии Швеции (1993) и иностранный член Чехословацкой АН (1988). Президент Всесоюзной геомеханической ассоциации (1988). Главный редактор журнала «Физико-технические проблемы разработки полезных ископаемых» (1979–1990). Заслуженный профессор МГУ (1998).

Один из авторов открытия N 400 СССР «Явление зональной дезинтеграции горных пород вокруг подземных выработок» (1991).

Лауреат Государственной премии СССР (1983).

В СО РАН учреждена премия им. Е. И. Шемякина для молодых ученых за работы в области механики твердого деформируемого тела и горных пород.